Né en 1970, Emmanuel Demarcy-Mota est le fils du dramaturge metteur en scène Richard Demarcy et de Teresa Mota, actrice portugaise de renom.
Avec une troupe de lycéens, il fonde en 1989 le Théâtre des Millefontaines, qui montera des pièces de Eugène Ionesco, Luigi Pirandello ou encore Frank Wedekind. En 1994, tout nouveau résident au Théâtre de la Commune (Centre Dramatique National d'Aubervilliers), il rencontre le succès avec L'Histoire du soldat d'après Charles-Ferdinand Ramuz, suivi en 1996 de Léonce et Léna de Georg Büchner.
À partir de 1997, le Théâtre des Millefontaines, qui s'est entretemps beaucoup étoffé, travaille aussi avec le Forum du Blanc-Mesnil (Seine-Saint-Denis) et monte diverses pièces et ateliers de recherche et de création.
En 1999, Emmanuel Demarcy-Mota reçoit le Prix de la révélation théâtrale, décerné par le Syndicat National de la Critique Dramatique et Musicale, pour sa mise en scène de Peine d'amour perdue de Shakespeare, qui est reprise pendant un mois au Théâtre de la Ville et tourne ensuite sur plusieurs scènes nationales françaises.
Au Théâtre de la Ville, il met également en scène en 2001 Six personnages en quête d'auteur de Pirandello avant d'aller diriger à partir de 2002 la Comédie de Reims où il a été nommé.
À Reims, il met en place un "collectif artistique" et initie plusieurs actions de sensibilisation de nouveaux publics tout en adaptant avec succès des pièces comme entre autres Marcia Hesse de Fabrice Melquiot, Rhinocéros d'Eugène Ionesco ou encore Variations Brecht d'après Bertolt Brecht.
En septembre 2007, il est nommé directeur du Théâtre de la Ville de Paris.
En avril 2011 -- dix-huit mois après la mort de l'ancien directeur, Alain Crombecque, et après avoir refusé la direction du Festival d'Avignon (donné finalement à Olivier Py) -- Emmanuel Demarcy-Mota est nommé à la tête du Festival d'Automne de Paris.